Campo DC | Valor | Idioma |
dc.creator | Oliveira, Rodrigo Cunha | - |
dc.date.accessioned | 2023-07-12T18:24:05Z | - |
dc.date.available | 2023-07-12T18:24:05Z | - |
dc.date.issued | 2023-06-12 | - |
dc.identifier.uri | https://repositorio.ufba.br/handle/ri/37343 | - |
dc.description.abstract | INTRODUCTION: The Human Immunodeficiency Virus (HIV) is the etiological agent of the
Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS), a without a vaccine or cure. HIV-1 presents
an extensive genetic variability and in Brazil, subtypes B, C and subsubtype F1 are the prevalent
genotypes and intersubtype recombinants such as BC and BF1 are also detected. Non-B
subtypes have increased in frequency in Brazil. OBJECTIVE: To identify non-B viral isolates
of HIV-1 (subtype C, subsubtype F1 and BC recombinant) in Bahia and to analyze the
dispersion route and genotypic and molecular characteristics. MATERIAL AND METHODS:
Whole blood samples was collected from patients with HIV-1 followed up at the Professor
Edgard Santos University Hospital. The genomic DNA was extracted and sequenced by the
Sanger method. The genomes were assembled using the GENEIOUS software. Reference
alignments were generated for molecular and phylogenetic analyzes from sequences available
in the Los Alamos database and were analyzed through Bioinformatic softwares. RESULTS:
Through the obtaining whole blood samples 5 subtype C sequences, 19 BF1 and F1 sequences
and 1 BC recombinant sequences were obtained. The phylodynamic analyzes estimated that the
F1 sub-subtype reached the Brazilian territory around the 70's. The C subtype reached the
Northeast region around 1985, from the South, Southeast and Central-west regions, and the C
strain found in Bahia descends from the lineage of the South region. The BC sample from our
cohort showed a common recombination point to other Brazilian recombinants. The genetic
characterization of BC genomes reveals a preferential recombination point with the B fragment
conserved in pol, env and nef genes. The molecular characterization of near-full length genome
of local and global subtype C suggests that the most of strain has a low replicative capacity.
CONCLUSIONS: The F1 Brazilian isolates belongs to a single lineage, which descends from
the Central-West of the Africa. The subtype C found in the Northeast region and state of Bahia
descends from the South region, circulating in the region since 1985. The new pattern of BC
sequence may represent a new CRF in Brazil. The genomic analyzes results of recombinant BC
strains reveal that characteristics of subtype B maintained in BC strains may favor adaptative
advantages. Concerning the pure C genotype, the amino acid and molecular characteristics
pointing to a favor this subtype transmission. | pt_BR |
dc.description.sponsorship | FAPESB | pt_BR |
dc.language | por | pt_BR |
dc.publisher | Universidade Federal da Bahia | pt_BR |
dc.rights | CC0 1.0 Universal | * |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/ | * |
dc.subject | HIV-1 | pt_BR |
dc.subject | AIDS | pt_BR |
dc.subject | Subtipo C | pt_BR |
dc.subject | Subsubtipo F1 | pt_BR |
dc.subject | Recombinante BC | pt_BR |
dc.subject | Evolução Viral | pt_BR |
dc.subject.other | HIV-1 | pt_BR |
dc.subject.other | AIDS | pt_BR |
dc.subject.other | Subtype C | pt_BR |
dc.subject.other | Subsubtype F1 | pt_BR |
dc.subject.other | Bc recombinant | pt_BR |
dc.subject.other | Viral evolution | pt_BR |
dc.title | Caracterização molecular dos genótipos C, F1 e BC do Vírus da Imunodeficiência Humana tipo 1 (HIV-1) circulantes na região Nordeste do Brasil - análise da dispersão e história evolutiva. | pt_BR |
dc.type | Tese | pt_BR |
dc.publisher.program | Programa de Pós-Graduação Multicêntrico em Bioquímica e Biologia Molecular (PMBqBM) | pt_BR |
dc.publisher.initials | UFBA | pt_BR |
dc.publisher.country | Brasil | pt_BR |
dc.subject.cnpq | CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL | pt_BR |
dc.contributor.advisor1 | Cunha, Joana Paixão Monteiro | - |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/0029479165737710 | pt_BR |
dc.contributor.advisor-co1 | Nakaya, Hélder Takashi Imoto | - |
dc.contributor.advisor-co1Lattes | http://lattes.cnpq.br/5515247461567730 | pt_BR |
dc.contributor.referee1 | Cunha, Joana Paixão Monteiro | - |
dc.contributor.referee1Lattes | http://lattes.cnpq.br/0029479165737710 | pt_BR |
dc.contributor.referee2 | Pimentel, Victor Figueiredo | - |
dc.contributor.referee2Lattes | http://lattes.cnpq.br/0131818662017293 | pt_BR |
dc.contributor.referee3 | Haddad, Simone Kashima | - |
dc.contributor.referee3Lattes | http://lattes.cnpq.br/9528645605164487 | pt_BR |
dc.contributor.referee4 | Carneiro, Fabiana Avila | - |
dc.contributor.referee4Lattes | http://lattes.cnpq.br/6986840013798661 | pt_BR |
dc.contributor.referee5 | Silva, Márcia Barbosa da | - |
dc.contributor.referee5Lattes | http://lattes.cnpq.br/6941126438366317 | pt_BR |
dc.creator.Lattes | http://lattes.cnpq.br/5671255161765399 | pt_BR |
dc.description.resumo | INTRODUÇÃO: O Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) é o agente etiológico da
Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (AIDS), doença ainda sem vacina e sem cura.
O HIV-1 apresenta uma extensa variabilidade genética e no Brasil, os subtipos B, C e o
subsubtipo F1 são os genótipos prevalentes nas infecções. São detectados também
recombinantes intersubtipos como BC e BF1. Os subtipos não-B tem aumentando sua
frequência no território brasileiro. OBJETIVO: Identificar isolados virais não-B do HIV-
1 (subtipo C, subsubtipo F1 e recombinante BC) na Bahia e analisar a rota de dispersão e
características genotípicas e moleculares. MATERIAL E MÉTODOS: Foi realizada a
coleta de sangue total de pessoas vivendo com HIV/AIDS acompanhadas pelo Hospital
Universitário Professor Edgard Santos. O DNA genômico foi extraído e sequenciado pelo
método de Sanger. Os genomas foram montados no programa computacional
GENEIOUS. Alinhamentos de referência foram gerados a partir de sequências disponíveis
no banco de dados Los Alamos e foram analisados em programas de Bioinformática.
RESULTADOS: A partir da coleta de amostras foram obtidas 5 sequências do subtipo C,
19 sequências BF1 e F1 e 1 recombinante BC. As análises de filodinâmica estimam que o
subsubtipo F1 alcançou o território brasileiro por volta da década de 70. O subtipo C
alcançou a região Nordeste do país por volta de 1985, a partir das regiões Sul, Sudeste e
Centro-oeste e os isolados do subtipo C encontrados na Bahia, descendem da linhagem
encontrada na região Sul. A amostra BC de nossa coorte apresentou ponto de
recombinação comum a de outras recombinantes brasileiras. A caracterização dos
genomas BC do mundo revelou pontos preferencias de recombinação, com fragmento B
conservado nos genes pol, env e nef. As análises de caracterização molecular das
sequências quase completas do subtipo C, local e mundial, sugere que a maioria das cepas
apresentem uma baixa capacidade replicativa. CONCLUSOES: Os isolados do
subsubtipo F1 que circulam no Brasil pertencem a uma linhagem única, que descende do
centro-oeste da África. O subtipo C encontrado na região Nordeste e estado da Bahia
descende da região Sul e circula na região Nordeste desde 1985. O novo padrão da
sequência BC pode representar uma nova CRF. Os resultados das análises das cepas BC
revelam que características do subtipo B são mantidas nas progenies BC, podendo
favorecer vantagens adaptativas. Os resultados das análises do subtipo C puro indicam
que as características moleculares apresentadas parecem favorecer sua transmissão. | pt_BR |
dc.publisher.department | Instituto de Ciências da Saúde - ICS | pt_BR |
dc.type.degree | Doutorado | pt_BR |
Aparece nas coleções: | Tese (PMBqBM)
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