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Universidade Federal da Bahia |
Repositório Institucional da UFBA
Use este identificador para citar ou linkar para este item: https://repositorio.ufba.br/handle/ri/37343
Tipo: Tese
Título: Caracterização molecular dos genótipos C, F1 e BC do Vírus da Imunodeficiência Humana tipo 1 (HIV-1) circulantes na região Nordeste do Brasil - análise da dispersão e história evolutiva.
Autor(es): Oliveira, Rodrigo Cunha
Primeiro Orientador: Cunha, Joana Paixão Monteiro
metadata.dc.contributor.advisor-co1: Nakaya, Hélder Takashi Imoto
metadata.dc.contributor.referee1: Cunha, Joana Paixão Monteiro
metadata.dc.contributor.referee2: Pimentel, Victor Figueiredo
metadata.dc.contributor.referee3: Haddad, Simone Kashima
metadata.dc.contributor.referee4: Carneiro, Fabiana Avila
metadata.dc.contributor.referee5: Silva, Márcia Barbosa da
Resumo: INTRODUÇÃO: O Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) é o agente etiológico da Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (AIDS), doença ainda sem vacina e sem cura. O HIV-1 apresenta uma extensa variabilidade genética e no Brasil, os subtipos B, C e o subsubtipo F1 são os genótipos prevalentes nas infecções. São detectados também recombinantes intersubtipos como BC e BF1. Os subtipos não-B tem aumentando sua frequência no território brasileiro. OBJETIVO: Identificar isolados virais não-B do HIV- 1 (subtipo C, subsubtipo F1 e recombinante BC) na Bahia e analisar a rota de dispersão e características genotípicas e moleculares. MATERIAL E MÉTODOS: Foi realizada a coleta de sangue total de pessoas vivendo com HIV/AIDS acompanhadas pelo Hospital Universitário Professor Edgard Santos. O DNA genômico foi extraído e sequenciado pelo método de Sanger. Os genomas foram montados no programa computacional GENEIOUS. Alinhamentos de referência foram gerados a partir de sequências disponíveis no banco de dados Los Alamos e foram analisados em programas de Bioinformática. RESULTADOS: A partir da coleta de amostras foram obtidas 5 sequências do subtipo C, 19 sequências BF1 e F1 e 1 recombinante BC. As análises de filodinâmica estimam que o subsubtipo F1 alcançou o território brasileiro por volta da década de 70. O subtipo C alcançou a região Nordeste do país por volta de 1985, a partir das regiões Sul, Sudeste e Centro-oeste e os isolados do subtipo C encontrados na Bahia, descendem da linhagem encontrada na região Sul. A amostra BC de nossa coorte apresentou ponto de recombinação comum a de outras recombinantes brasileiras. A caracterização dos genomas BC do mundo revelou pontos preferencias de recombinação, com fragmento B conservado nos genes pol, env e nef. As análises de caracterização molecular das sequências quase completas do subtipo C, local e mundial, sugere que a maioria das cepas apresentem uma baixa capacidade replicativa. CONCLUSOES: Os isolados do subsubtipo F1 que circulam no Brasil pertencem a uma linhagem única, que descende do centro-oeste da África. O subtipo C encontrado na região Nordeste e estado da Bahia descende da região Sul e circula na região Nordeste desde 1985. O novo padrão da sequência BC pode representar uma nova CRF. Os resultados das análises das cepas BC revelam que características do subtipo B são mantidas nas progenies BC, podendo favorecer vantagens adaptativas. Os resultados das análises do subtipo C puro indicam que as características moleculares apresentadas parecem favorecer sua transmissão.
Abstract: INTRODUCTION: The Human Immunodeficiency Virus (HIV) is the etiological agent of the Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS), a without a vaccine or cure. HIV-1 presents an extensive genetic variability and in Brazil, subtypes B, C and subsubtype F1 are the prevalent genotypes and intersubtype recombinants such as BC and BF1 are also detected. Non-B subtypes have increased in frequency in Brazil. OBJECTIVE: To identify non-B viral isolates of HIV-1 (subtype C, subsubtype F1 and BC recombinant) in Bahia and to analyze the dispersion route and genotypic and molecular characteristics. MATERIAL AND METHODS: Whole blood samples was collected from patients with HIV-1 followed up at the Professor Edgard Santos University Hospital. The genomic DNA was extracted and sequenced by the Sanger method. The genomes were assembled using the GENEIOUS software. Reference alignments were generated for molecular and phylogenetic analyzes from sequences available in the Los Alamos database and were analyzed through Bioinformatic softwares. RESULTS: Through the obtaining whole blood samples 5 subtype C sequences, 19 BF1 and F1 sequences and 1 BC recombinant sequences were obtained. The phylodynamic analyzes estimated that the F1 sub-subtype reached the Brazilian territory around the 70's. The C subtype reached the Northeast region around 1985, from the South, Southeast and Central-west regions, and the C strain found in Bahia descends from the lineage of the South region. The BC sample from our cohort showed a common recombination point to other Brazilian recombinants. The genetic characterization of BC genomes reveals a preferential recombination point with the B fragment conserved in pol, env and nef genes. The molecular characterization of near-full length genome of local and global subtype C suggests that the most of strain has a low replicative capacity. CONCLUSIONS: The F1 Brazilian isolates belongs to a single lineage, which descends from the Central-West of the Africa. The subtype C found in the Northeast region and state of Bahia descends from the South region, circulating in the region since 1985. The new pattern of BC sequence may represent a new CRF in Brazil. The genomic analyzes results of recombinant BC strains reveal that characteristics of subtype B maintained in BC strains may favor adaptative advantages. Concerning the pure C genotype, the amino acid and molecular characteristics pointing to a favor this subtype transmission.
Palavras-chave: HIV-1
AIDS
Subtipo C
Subsubtipo F1
Recombinante BC
Evolução Viral
CNPq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL
Idioma: por
País: Brasil
Editora / Evento / Instituição: Universidade Federal da Bahia
Sigla da Instituição: UFBA
metadata.dc.publisher.department: Instituto de Ciências da Saúde - ICS
metadata.dc.publisher.program: Programa de Pós-Graduação Multicêntrico em Bioquímica e Biologia Molecular (PMBqBM) 
Tipo de Acesso: CC0 1.0 Universal
metadata.dc.rights.uri: http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/
URI: https://repositorio.ufba.br/handle/ri/37343
Data do documento: 12-Jun-2023
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